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毛细管电泳仪是以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用带电粒子之间的淌度和分配系数的差异进行分离。毛细管电泳仪与平板凝胶电泳仪的比较如下：
一、检测器选择：
1、毛细管电泳仪：多
2、平板凝胶电泳仪：少
二、分离度：
1、毛细管电泳仪：高
2、平板凝胶电泳仪：低
三、定量分析：
1、毛细管电泳仪：与高效液相色谱仪相当
2、平板凝胶电泳仪：困难
四、自动化：
1、毛细管电泳仪：容易
